A estrutura organizacional atual do IGPA é constituída em núcleos, estruturados de acordo com a área de atuação dos profissionais e linhas de pesquisa. Os núcleos, trabalham orientados pela Congregação que regularmente se reúne para discussão dos problemas de interesse do Instituto como um todo. Parte dos projetos do IGPA se beneficiam desta estrutura para promover a multidisciplinaridade da pesquisa envolvendo profissionais de núcleos distintos.