O IGPA é responsável por um importante acervo cultural, de natureza arqueológica, audiovisual e etnográfica, reconhecido em âmbito nacional e internacional. O acervo constitui em um dos principais campos de investigação científica do Instituto.

Ao longo dos anos este acervo foi se ampliando e se qualificando, acompanhando os avanços técnicos e científicos de suas áreas de atuação.

Os acervos gerenciados pelo Instituto têm sido objeto primário de parte representativa de sua produção científica, assim como atendido demanda externa para este fim, em especial para pesquisas de pós-graduação e de graduação do curso de Arqueologia da PUC Goiás.